饮水机一般每个月都要尽量做至少一次深度清洗，才能彻底杜绝二次污染的隐患。清洗的时候使用专门的加压清洗机，配合清洗剂，通过水循环压力冲洗饮水机、封闭水循环臭氧杀菌、紫外线不间歇照射回水系统，可有效的对饮水机管道内壁持续不间断冲洗并保证冲洗的力度强度，彻底清洗水垢、杂质等。自己可以尝试练习一下操作，如果实在搞不定还可以找专业人员来进行。
第一步：断电、排水拔掉电源线，取下水桶，打开饮水机的排水阀，将饮水机内存水排干。排水阀一般位于饮水机机身后下方。分别将冷热排水阀中的水排干即可。在这里笔者也要提醒您注意，最好在饮水机下铺好报纸或是抹布，以防弄湿地板。同时，由于饮水机内部需要多次清洗，如果条件允许的话，将饮水机放置在卫生间内清洁更加方便。第二步：调配清洁液将饮水机专用除垢剂按照说明书上指示配比搅拌好，然后加入饮水机，通电，加热五分钟后断电，浸泡15-30分钟。加热的步骤实际上是让清洗剂中的成分可以更好与水中的物质反应。笔者用来清洗饮水机的这款清洗精的主要成分是氯基类酸。使用时也要注意尽量不要让溶液接触到皮肤，同时注意远离儿童。第三步：冲洗内胆清洗溶液在饮水机内静置30分钟后，从冷热出水口分别将清洗溶液放出，再倒入饮水机内，重复3至5次，主要目的是为了清洗冷热出水口。然后再将清洗溶液从机后冷热排水阀排出。用清水冲洗饮水机内溶液残留。也是先从出水口放些水，清洗出水口中的溶液残留。再从排水阀将水全部排干。重复3至5次即可清洗干净。
饮水机清洗方法有很多种，但是据西安小手帕专业饮水机清洗公司的工作人员讲：40%左右的家庭从未清洗过饮水机，而清洗过的家庭中有87%的只是自己简单擦洗一下，并且清洗的方法也是不科学不专业的。目前市场上使用最多的是以下几种清洗方法：第一种浸泡法：它是利用消毒液浸泡饮水机的各个管路达到清洁目的。使用二氧化氯消毒时，用50～100mg/L浓度的溶液浸泡5分钟即可，虽然成本低，可化学残留物不易清洗掉；使用双氧水消毒时，浸泡时间同为5分钟，浓度为1.5%，化学残留易清洗但成本很高。另外，甲醛、二醛等醛类消毒剂尽管杀菌能力很强，无奈刺激性气味大，而且没法对饮水机的内胆、管壁、分水管道等部位进行循环冲洗，难以将污物带出，存在“二次污染”。这是目前各种品牌纯净水厂家对客户承诺提供的所谓免费清洗消毒服务。第二种熏蒸法：该方法是利用臭氧的杀菌作用来达到清洗饮水机的作用。将臭氧从饮水机上部的入水口注入，大约经过20分钟的熏蒸可以杀灭大部分的有害细菌，此方法消毒效果很好，且成本较低，但没有清洗水垢等杂质的作用。第三种加压过滤法：采用加压过滤方法的专业饮水机清洗机械。在清洗时，将清洗机的一端接到饮水机的入水口，另一端接入饮水机下部的排水口，形成一个封闭循环，同时采用专用消毒清洗剂。该方法利用清洗机械自身的循环压力，可以充分达到清洗的目的，然后通过机械压力可以将水垢和杂质完全排出。这种方法一般被专业的饮水机清洗公司所采用。
饮水机清洗消毒主机的主要作用是使用饮水机专用除垢剂对热水胆内部水垢进行分解，再利用内置高压循环水泵，将饮水机冷、热水胆用管道进行连接，形成一个封闭的循环管路，利用高压水流对饮水机的水胆及内部管道进行冲刷，将溶解后的水垢溶解及内部杂质随水流冲出。
首先是准备工作：Step1、拔去电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排污管口，排净余水。然后，再打开冷热水开关放水。在有清洗饮水机的计划时就可以根据预计的清洗时间加适当的水量，可以减少工作。Step2、准备好清洗剂，一般是去污泡腾片或专用消毒剂。建议事先把饮水机搬到卫生间里，保证清洗过程中水量充沛，取下“聪明座”（就是饮水机内接触矿泉水桶的部分）。然后是清洗环节：Step1、用酒精棉仔细擦洗饮水机内胆和盖子的内外侧，为下一步消毒做准备。Step2、按照去清洗剂的说明书配置消毒水，导入饮水机，使消毒水充盈整个腔体，留置10~15分钟。Step3、打开饮水机的所有开关，包括排污管和饮水开关，排净消毒液。Step4、用清水连续冲洗饮水机整个腔体，打开所有开关排净冲洗液体。Step5、放一杯水，闻闻有没有氯气味。如有，再放水，一直到闻不出任何气味才可以放心地喝。
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