微波炉在高温加热食物时，食物在高温加热的情况下产生出的高蛋白质对人体的危害较大，同时通过微波加热之后的食物，食物中的矿物质、维生素和营养会大量的减少，不能被身体分解吸收。
微波炉本身有着很强的辐射性，所以在热饭的时候不宜离得太近，微波炉食物能引起胃癌。研究发现，有些胃癌及肠癌患者，皆与常吃微波炉加热过的食物有关，这或许解释了为什么美国人近些年来，患直肠癌的比例如此迅速增加。
大多数菜品经过微波炉加热，营养都会流失，微波炉烹煮的食物会使蔬菜中的矿物质变成破坏人体健康的自由基。
微波炉的作用远不止把物体加热那么简单。食物的分子吸收大量的能量，足以分解蛋白质的分子结构，导致通常情况下不会发生的分子异变。结果，许多新的奇怪的分子出现了。 问题就在这里，食物的分子结构发生了改变，产生了人体不能识别的分子。这些奇怪的新分子是人体不能接受的，有些具有毒性，还可能致癌。因此，经常吃微波食品的人或动物，体内会发生严重的生理变化。
微波炉食物，除了有致癌物之外，它还产生一堆不能为身体所吸收利用的不知名副产品。微波炉食物的副产品，是长期而永久性的残存于人体内。
孕妇、婴儿吃的东西尽量少用微波炉加热。最好用水加热，不要预先将肉类加热至半热，留到以后再用微波炉加热至全熟。这样做虽可减短开饭前所需烹调时间，半熟的食物中细菌没被杀死，即使放入冰箱，细菌仍会生长。
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